表題通り、LE3で透過処理をしたgifアニメを作るときの質問です。
・LE3βのバージョンは2005.06.10betaです。
　2005.02.08でも同様でした。
・L3のバージョンは2002.10.10です。

「背景無し」で透過処理状態を狙って作画したときのgifアニメが、前のコマとの差分のみ作画され、かつ前のコマが残像のように表示される形になっています。
そのため、今のL3で普通に作画しても、他ソフトで編集しても透過処理をしたgifアニメを作ることができなくなりました。

　どのバージョンか分かりませんが、以前は差分作画ではなかったと記憶しているので、他ソフト（AnimationGifMaker）で前コマを削除していく処理をすると透過処理されたgifアニメを作ることができました。
参考：http://members.at.infoseek.co.jp/sintiro/kura/kick_test2.gif

念のために、背景を１色設定にし、その背景色を他ソフトで透過設定する方法も試しましたが、その場合も差分作画しかされていないのでうまくいきません。
LE3で透過処理されたgifアニメを出力する方法、せめて差分作画ではないgifアニメを作画する方法があれば教えてください。

どうしても無理な場合は、不安定ですが旧バージョンのLE3を探してそちらに戻ろうと考えています。

どうも昨夜は調べが足りなかったようです。
原因はLE3のバージョン違いではないみたいです。

過去に作成に成功した透過ありのアニメgifをAnimation GIF Makerで
画像分解して見たところ、やはり差分しか作画されていませんでした。
（↓のsinさんのkick_test2.gifも同じ）

参照URL：http://mayim.jp/~hooky/DoGA/outer/nonbg/
（分解画像）
http://mayim.jp/~hooky/DoGA/outer/nonbg/nonbg.gif
（LE3背景なしで作画）
http://mayim.jp/~hooky/DoGA/outer/nonbg/nonbgdelete.gif
（Animation GIF Makerで消去法-背景色）

つまり、gif対応した最初のバージョンから現在と同じ仕様だったようです。

過去に作画したgifで問題が顕在化しなかったのは、モーションの内容によるところが大きいようです。
結論から言えば、物体の一部が動かないようなモーションをgif作画すると、
その部分の作画が省略されてしまい、透過を施そうとすると不都合が出るようです。

参照URL：http://mayim.jp/~hooky/DoGA/outer/monobg/
（分解画像）
http://mayim.jp/~hooky/DoGA/outer/nonbg/monobg.gif
（LE3背景１色で作画）
http://mayim.jp/~hooky/DoGA/outer/nonbg/monobgdelete.gif
（Animation GIF Makerで消去法-背景色）
http://mayim.jp/~hooky/DoGA/outer/nonbg/monobgt.gif
（Animation GIF Makerで透過オン）
http://mayim.jp/~hooky/DoGA/outer/nonbg/monobgdeletet.gif
（Animation GIF Makerで消去法-背景色＋透過オン）

差分作画は、サイズを落とすにはとても有効で、手作業でやるのは大変ですから
優秀な機能だとは思いますが、これでは透過にどうしても不具合が出てしまいます。
どうにか差分作画をオフにする方法はないものでしょうか？