すみません、返事し忘れてましたが、

> TMPGEnc 3.0 Express ユーザー掲示板の、4月11日のタイトル「画が止まる」のスレッド

レートが低い場合に止まることがあるのは認識してましたので、
VBR 2000〜9000 で、下限は0パディングしてます。
ですので、そこで書かれていることについては問題ないはずです。
また、動き予測のハーフペル処理は今回の問題とは無関係でしょう。


GOP については調べてませんでした。

で、こちらでもちょっと確認したのですが、
入選作品集の方では、

・入選作品集 「オープニング」(CHAPTER 1)
　0m22s オープニングの頭、宇宙空間にフェードイン

・入選作品集 「影遊び」(CHAPTER 2)
　0m09s ロゴが表示されているところ

で問題が出ていますが、このどちらも GOP は普通でした。

規格上は Iフレーム だけの GOP があっても全然問題ないですし、デコーダにとっては、Bフレーム や Pフレーム よりも Iフレームの方が展開しやすいのですが、
GOPが小さいところでは(Iフレームはデータ量が多いため)
データレートが高くなりますから、

「レートの変化が激しいところで発生する」といったことが原因だとすると、「小さいGOPがあるところでも発生する」ということにはなる可能性がありそうです。

ともあれ、調査結果が帰ってこないとなんとも言えなさそうです…