L3のバージョンは2002.11.08beta、
Windows2000sp3／RADEON8500／DirectX8.1
という環境です。

まず、多関節体をひとつつくります。
パーツデータもコネクションデータもすべてひとつのフォルダに入っています。
このフォルダ名をROBOT1とします。

次にL3を終了し、エクスプローラー上でフォルダごしコピーし、
ROBOT2とします。
それをROBOT1と同じ階層に置きます。

L3を起動してROBOT2のパーツをいじって全く違うモノを作成します。
ただし、各パーツ名はROBOT1のままです。
多関節体からパーツの削除や追加は多少しています。

この状態でコネクションビルダーでROBOT1を呼び出した後、
いったん終了せずに直接「開く」でROBOT2を呼び出すと
パーツがすべてROBOT1のものになってしまいます。

まあ、いったん終了すれば回避できるモノなので実害はないのですが。

以前にも同じような現象の書き込みがあったと思ったのですが
内容が見付けられませんでした。

おそらくは、キャッシュが効いてそうなるのだと思うのですが
コネクションビルダーで開くでは、
・直前のパーツに同じ名前の部品を見つける
・わざわざファイルを読みに行かない
PCが貧弱だった頃のなごりですな

コネクションを開きなおせばOKでしょうが、ひょっとして
L3以外のウィンドウをタッチして戻ってくると直ってるって
事はないですかね？