ファイルからパーツ追加した場合、フォルダを移動させるとパーツを読み込まなくなりますよね？数が少ないなら１つ１つファイルを指定しなおせば良いだけなのですが、数十のモデルの数万パーツを１つ１つ指定し直すのは不可能に近い作業です。これを一括でする方法というのは無いのでしょうか？

移動させる方が悪い。

L3上で一つ一つ指定し直すのは作業効率が悪いし、指定をミスるとさらに面倒。
なのでL3Pをテキストエディタで開いて文字列置換した方がよい。

■今後の為に
パーツをL3のパーツカタログに登録してしまう。
http://aifee.syuriken.jp/sozai/inimaker.html
↑このツール使うと登録できる。