> パーツの左右が微妙に違うのですが

　そうですね。曲面にぺたぺたマーキング(四角貼り)して、左右反転
コピーしたら浮くは潜るはもう大変。
　パーツをメタセコ等で作成後、省ポリゴンを自動でかけてそのまま
なのが原因では。曲面の３角解釈が左右で違ってます。
　人体等はあまり気になりませんが、メカは非常に気になります。
手で貼り直す必要がありそうですね…。とっても大変ですが(><)。